الخان في وسط مدينة خان يونس يقع على الطريق الساحلي القديم "فيا مارس" الذي يربط مصر بالشام، على بعد 32 كم إلى الجنوب من مدينة غزة. نشأت المدينة حوله على مدى سبعة قرون. بُني هذا الخان كما يشير النقش التأسيسي الموجود على مدخله من قبل يونس النيروزي الدوادار، "كاتب" السلطان المملوكي الظاهر برقوق في عام 1387 ميلادي. كان الخان محطة رئيسة على الطريق بين دمشق والقاهرة ، وكان واحدًا من الخانات التي انتشرت على الطرق الرئيسية خلال الفترة المملوكية والعثمانية. ربما تم بناء الخان في القرن الرابع عشر على أنقاض موقع جينيسوس الذي أشار إليه هيرودت في القرن الخامس قبل الميلاد، ولم تزل هذه الفرضية تحتاج إلى دليل أثري.
الخان عبارة عن بناء ذو شكل مربع، بطول 85.5 متر لكل ضلع من الطابقين، تم بناؤه على مساحة 16 دونمًا، ويحتوي على بوابتين. كان هناك برج دائري على كل زاوية من زواياه، وكان يتجه نحو أحد الاتجاهات الأربعة. لديه باب كبير على الجدار الغربي وساحة مكشوفة، ويتألف من طابقين: الطابق الأول كان يستخدم لتخزين البضائع أو إسطبلات للحيوانات، أما الطابق الثاني فقد كان على جهة الغرب فوق الباب يحتوي على جامع ومئذنة وديوان للاستقبال، والباقي كانت غرف للنوم. تحتوي القلعة على بئر ماء داخلي وآخر خارجي لتزويد سكانها بالماء. وفوق المدخل الرئيسي للقلعة هناك مجموعة من النقوش والرنوك المحفورة في الحجر، تحيط بها رسوم أسد وفتحات لرمي السهام.
تهدمت أجزاء من القلعة نتيجة الدمار الذي حدث في معركة بين المماليك والعثمانيين في عام 1516، وأيضاً خلال حملة فرنسا على مصر وبلاد الشام في عام 1798، والتدمير الذي أحدثته المملكة المتحدة في القلعة خلال الحرب العالمية الأولى في عام 1917. تهدمت أجزاء أخرى من القلعة بسبب عوامل الزمن، وظل الجزء الأمامي من القلعة، بما في ذلك البوابة الرئيسية والمسجد والمئذنة، محفوظًا. ووصف القلعة بعض الرحالة في القرن التاسع عشر مثل الألماني شوماخر عام 1866 الذي وصفها كقرية صغيرة. ترك النمساوي موزيل والألماني تيرش أول صور للقلعة في أواخر القرن التاسع عشر وبداية القرن العشرين. في عقد الثلاثينيات من القرن الماضي، رسم الدكتور ديمتري برامكي مخطط القلعة، وزارها الدكتور روبرت هاملتون في عام 1943، وأجرى الدكتور مروان أبو خلف دراسة للقلعة في عام 1983.
أُطلق على المنطقة التي يقع فيها هذا الخان اسم خان يونس تيمنًا باسمه. نمت المدينة في القرن الماضي لتصبح ثاني أكبر مدينة في قطاع غزة بعد مدينة غزة. أشار شوماخر، الذي زار المدينة عام 1866، إلى أن سكان القلعة لا يتجاوزون 700 نسمة، وفي عام 1944 ارتفع عدد سكانها إلى 11,200 نسمة، وفي عام 1967 تضاعف عدد السكان إلى نحو 23,465 نسمة، وفي عام 2023 وصل إلى نحو 450,000 نسمة. في عام 2004، قامت دائرة الآثار الفلسطينية بأعمال ترميم على الواجهة الغربية للقلعة، وغرب مدينة خان يونس تقع العديد من المواقع الأثرية المهمة مثل تل ريدان وتل جنان.
